A. Le 16 mars 2016, X. SA a ouvert action contre Y. SA devant la Chambre de conciliation du Tribunal régional des Montagnes et du Val-de-Ruz. La conciliation n’ayant pas abouti, elle a ensuite déposé le 2 septembre 2016 une demande en paiement contre la même devant le tribunal civil du même tribunal régional (ci-après : le tribunal civil), en paiement de 3'622'856.80 francs. Le 6 septembre 2016, le tribunal civil a demandé une avance de frais de 108'680 francs à la demanderesse, qui l’a versée le 10 novembre 2016, ceci après avoir obtenu deux prolongations du délai pour le paiement.
B.