La cause sera renvoyée au tribunal civil pour nouvelle décision, au sens des considérants. Vu les conclusions des parties en procédure de recours et le sort de la cause, les frais seront laissés à la charge de l'Etat (art. 107 al. 2 CPC). L'intimée versera aux recourants une indemnité de dépens, une telle indemnité ne pouvant pas être mise à la charge du canton non partie (cf. Tappy, in CPC commenté, n. 34 et 35 ad art. 107).
Par ces motifs,
L'AUTORITé DE
RECOURS EN MATIERE CIVILE
1. Admet le recours.
2. Annule la décision rendue le 1er avril 2016 par le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, à Boudry, et lui renvoie la cause pour nouvelle décision au sens des considérants.
3.