Les frais des deux instances doivent dès lors être mis à la charge de Y. SA. Il ne sera alloué d'indemnité de dépens que pour la procédure de recours, la recourante n'ayant pas été représentée en première instance.
Par ces motifs,
L'AUTORITé DE
RECOURS EN MATIERE CIVILE
1. Admet le recours.
2. Annule la décision rendue le 24 février 2016 par le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, à Boudry.
3. Ordonne l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs en faveur de X. Sàrl sur l'article no [aaa] du cadastre de B., propriété de Y. SA, à B., à concurrence de 6'593.40 francs.
4.