La décision entreprise doit être annulée. Il en résulte que le tribunal civil devra suivre la procédure relative à la demande de prolongation de bail.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être admis. La procédure de recours en matière de baux sur des locaux commerciaux n’est pas gratuite (art. 53 TFrais). L’intimée supportera les frais de la cause. Elle versera une indemnité de dépens à l’intimée. Les dépens comprennent le défraiement d'un mandataire professionnel (art. 95 al. 3 let. c CPC). La partie qui prétend à des dépens doit déposer un état des honoraires et frais, à défaut de quoi l'autorité saisie fixe les dépens sur la base du dossier (art. 66 TFrais).