Le recours doit dès lors être admis. Le chiffre 3 du dispositif sera annulé en tant qu'il condamne l'intimée à verser 2'000 francs de dépens à la recourante. Ceux-ci seront arrêtés à 9'000 francs.
L'intimée qui succombe sera condamnée à prendre à sa charge les frais de l'instance et à verser une indemnité de dépens en faveur de la recourante.
Par ces motifs,
L'AUTORITé DE
RECOURS EN MATIERE CIVILE
1. Admet le recours de X. AG.
2. Annule le chiffre 3 du dispositif en tant qu'il condamne Y. AG à verser à X. AG une indemnité de dépens de 2'000 francs
3. Confirme la décision pour le surplus.
Statuant à nouveau:
4. Condamne Y. AG à verser à X. AG une indemnité de dépens de 9'000 francs.
5.