Admet le recours et annule les chiffres 2, 3, 4, 5 du dispositif de la décision du 3 juin 2014 rendue par le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers.
2. Renvoie la cause au Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Met les frais de justice, arrêtés à 800 francs, avancés par les recourants, à la charge de l'intimée.
4. Condamne l'intimée à verser une indemnité de dépens de 1'200 francs aux recourants.