En l'absence d'une violation de l'article 38 LPEP, les manquements des recourants ne peuvent constituer, au sens de la législation sur la protection des eaux, que des contraventions au sens de l'article 40 LPEP. Celles-ci pourraient être fondées sur la violation des articles 18 al. 2 LPEP et 7 de l'Ordonnance sur le déversement des eaux usées (ATF 119 I b 497 et ATF 122 II 28-29). Mais, s'agissant de contraventions remontant au plus tard à septembre 1991, l'action pénale est largement prescrite (art. 109 CPS).
5. Aucune infraction non prescrite ne pouvant être retenue, le recours doit être déclaré bien fondé.
La Cour est en mesure de statuer au fond elle-même sur la base du dossier.