Le jugement entrepris sera réformé, en ce sens qu'une assemblée générale de la société Y. AG sera convoquée dans un délai de 45 jours à compter du caractère définitif et exécutoire de la présente décision, par le greffe du Tribunal cantonal selon les modalités indiquées ci-dessus. Les frais, arrêtés au stade de l'appel à 1'500 francs et en première instance à 400 francs, seront mis à la charge de la société défenderesse. L'appelant a droit à une indemnité de dépens pour les première et deuxième instances.
Par ces motifs,
LA COUR D'APPEL
CIVILE
1. Admet l'appel et annule la décision du 20 mars 2013.
2.