B. Suite aux nouvelles observations des CFF, du 2 mars 2012, comportant la dénonciation d'instance, Y. SA a déclaré, le 14 mars 2012, souscrire entièrement aux conclusions prises par les CFF.
C. Par décision du 26 juillet 2012, la juge du Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers a rejeté la requête d'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs; invité le conservateur de l'Office du registre foncier de l'arrondissement du Littoral et du Val-de-Travers à Neuchâtel à radier l'inscription provisoire à laquelle il avait procédé sur l'article no 15211, dans les 20 jours ; mis les frais de la cause à la charge de la requérante.