Observant toutefois que ce même montant ressortait de nombreux paiements régulièrement opérés par la locataire X1 SA, dès sa reprise du bail en février 2003, le juge a retenu que « sur la base de critères qui échappent à la compréhension de l'observateur externe (et apparemment des intéressés eux-mêmes…), les parties ont convenu en cours de bail une modification du loyer initialement fixé et l'ont porté à Fr. 9'427.- par mois » dès février 2003. Il admettait ensuite que dès le 1er décembre 2007, le loyer avait été réduit à Fr. 6'710.-, la proposition en ce sens de la locataire ayant été acceptée par la gérance.