A. Y., né en 1958, et X., née en 1962, tous deux ressortissants suisses, se sont mariés à Neuchâtel le 5 avril 1984. Ils ont eu trois enfants, A., né en 1986, B., né en 1988, et C., née en 1990.
Le 19 avril 2011, X. a saisi le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers (plus loin : le tribunal régional) d'une requête de mesures protectrices de l'union conjugale. Elle alléguait que son mari avait quitté le domicile conjugal et refusait de le réintégrer. Elle demandait l'attribution du domicile conjugal, où elle vivait avec sa fille, encore aux études.