Confirme pour le surplus les chiffres 1 et 2 du jugement attaqué.
4. Condamne l'appelante aux trois quarts des frais d'appel, qu'elles a avancés par 6'500 francs, et l'intimé au quart restant de ces frais.
5. Condamne l'appelante à verser à l'intimé une indemnité de dépens d'appel de 4'000 francs, après compensation partielle.
6. Modifie la répartition des frais de première instance et la fixe à 40 % à charge du demandeur et 60 % à charge de la défenderesse, sans modification de l'indemnité de dépens allouée à ce titre.
Neuchâtel, le 6 septembre 2012
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