Le recours étant admis, les frais judiciaires seront laissés à la charge de l'Etat. Il y a en outre lieu d'allouer au recourant une indemnité de dépens de 400 francs, à la charge de l'Etat (art. 436 al. 3 CPP).
Par ces motifs,
l'Autorité de recours en matière pénale
1. Admet le recours et annule l'ordonnance attaquée.
2. Renvoie la cause au Ministère public au sens des considérants.
3. Laisse les frais judiciaires à la charge de l'Etat.
4. Alloue au recourant une indemnité de dépens de 400 francs à la charge de l'Etat.
5. Notifie le présent arrêt à X., par Me D., à Y., par Me E., et au Ministère public, parquet régional de Neuchâtel, Pommier 3a (MP.2016.5254).