§ 27 Abs. 1 EGGSchG räumt demgegenüber dem Regierungsrat die Kompetenz ein bzw. verpflichtet ihn dazu, zusätzliche Massnahmen an den Gewässern selbst oder in deren Einzugsgebieten anzuordnen, wenn die getroffenen kommunalen und regionalen Massnahmen zum Schutz von Gewässern nicht ausreichen. In der Botschaft werden als solche zusätzliche Massnahmen beispielhaft Seesanierungen, die Bekämpfung der Nitrat-Anreicherung in grösseren Grundwasservorkommen, die Beschränkung der Wassernutzungen in übernutzten Grundwasservorkommen oder grössere Revitalisierungsprojekte an Flüssen und Seeufern genannt. Wie bzw. in welcher Form die Massnahmen umzusetzen sind, wird in der Botschaft offengelassen.