In vielen Fällen tragen Kleinkläranlagen zur Verbesserung der hygienischen und ästhetischen Verhältnisse im Bereich der Einleitungsstellen sowie zur Vermeidung von Fischsterben und anderen Beeinträchtigungen der Fliesswasserbiologie als Folge von Einleitungen unerwünschter Stoffe bei. Bei Kleinkläranlagen kommt dem differenzierten Gewässerschutz besondere Bedeutung zu, indem auf die örtlichen Gegebenheiten mit stark unterschiedlichen Mengen-, Konzentrations- und Frachtverhältnissen zwischen Abwassereinleitung und Vorfluter, bzw. Grundwasserträger Rücksicht genommen werden muss.