Cette ordonnance a réorganisé la gestion des MPT. Elle a notamment supprimé la possibilité de facturer le pourcentage d’heure entamé. Elle a également mis en place une nouvelle base de tarification, soit un montant horaire forfaitaire de CHF 130.- (en lieu et place du montant de CHF 136.-), qui comprend tous les actes thérapeutiques et administratifs nécessités par le traitement, et instauré un moratoire permettant au SEN de ne plus accréditer de nouveaux prestataires de MPT jusqu'à l’entrée en vigueur du concept jurassien de pédagogie spécialisée, mais au plus tard jusqu’au 31 juillet 2017.