Dans l'exercice de son mandat, la CGF peut procéder à toutes les investigations qu'elle juge utiles au sein des départements et des services de l'Etat (art. 38 al. 6 RP), ce qui nécessite un support administratif et parfois un appui scientifique. Il ressort des travaux préparatoires de la loi attaquée que le secrétariat de la CGF est actuellement assumé par un fonctionnaire de la Trésorerie générale (TRG).