Le statut organique du Secrétariat du Parlement a été entièrement revu lors de la modification de la LOP le 13 décembre 2006. Cette modification, en vigueur à ce jour, rompt les liens institutionnels entre le Secrétariat du Parlement et la Chancellerie d'Etat ; elle prévoit que le Parlement est doté d'un secrétariat indépendant du Gouvernement et de l'administration cantonale, placé sous la responsabilité du Secrétaire du Parlement (art. 20a al. 1 LOP), la compétence étant par ailleurs donnée au Bureau du Parlement de décider de tout ce qui touche à l'organisation structurelle du Secrétariat du Parlement (art. 19 al. 8 seconde phrase LOP).