Lors de son adoption le 9 décembre 1998, la loi d'organisation du Parlement (LOP ; RSJU 171.21) prévoyait que le Parlement était doté d'un secrétariat placé sous la responsabilité du secrétaire du Parlement et en définissait les tâches (art. 8 LOP). Cette loi ne disait rien de plus sur l'organisation de ce secrétariat. C'est la loi d'organisation du Gouvernement (LOGA ; RSJU 172.111)