La juge d'instruction a inculpé le recourant le 3 mai 2010 d'abus d'autorité, d'escroquerie et de faux dans les titres. Les actes qui lui sont reprochés ont tous été commis dans le cadre de son travail. Le recourant a notamment obtenu le 12 février 2007 un versement de Fr 70'000.- de la part de C, directeur de D. A cette occasion, le recourant a établi à l'attention de D une reconnaissance de dette sur papier à entête du SAMT, ainsi qu'une quittance datée du 13 février 2007 à l'en-tête de la Banque B et du Secrétariat d'Etat à l'Economie (SECO), qui attestait que le chef caissier avait reçu la somme de Fr 70'000.- .