C. Par arrêté du 29 juin 2004, le Gouvernement de la République et Canton du Jura (ciaprès : l'intimé) a accordé au recourant une subvention de Fr 98'500.- pour la construction d'un rural, à titre forfaitaire. Cet arrêté stipule notamment que l'octroi de la subvention est subordonné à la participation fédérale et que les travaux devront être exécutés conformément au projet présenté, toute modification du projet devant être soumise à l'autorisation préalable du Service de l'Economie rurale.