1. Admettre le recours.
2. Annuler la décision d'adjudication du 29 septembre 2010 du Gouvernement de
la République et Canton du Jura attribuant à Y. le marché des équipements
électroniques des centrales du tunnel de Bure (lot 3.12 : ventilation, chauffage
et climatisation).
3. Renvoyer le dossier au Gouvernement jurassien pour nouvelle décision au sens
des considérants.
4. Subsidiairement, adjuger le marché précité à la recourante pour un montant de
Fr 1'238'412.25.
5. Sous suite des frais et dépens.