Cette contradiction s'explique en raison des modifications législatives cantonales intervenues le 1er septembre 2009 à la suite de l'entrée en vigueur du nouvel article 29a Cst. (garantie de l’accès au juge). En effet, en raison de ces nouvelles exigences imposées par le droit fédéral, le Parlement jurassien a restreint les recours administratifs au Gouvernement, de sorte que désormais peuvent en principe être seuls déférés au Gouvernement les recours portant sur des décisions ayant un caractère politique prépondérant (art. 162 et 172 Cpa).