La règle de la présomption d'innocence entraîne une seconde conséquence, en ce qui concerne l'appréciation de la preuve. Si l'accusé est présumé innocent, cela signifie qu'il ne peut être déclaré coupable tant que la présomption n'a pas été renversée. Quand l'accusation ne peut établir l'infraction dans ses divers éléments et prouver la culpabilité, notamment s'il subsiste un doute sur n'importe quel fait pertinent, il faut trancher dans le sens favorable à l'accusé, in dubio pro reo, et prononcer son acquittement. Comme règle touchant l'appréciation des preuves, le principe in dubio