Nachdem sich herausgestellt hatte, dass die Veranlagungsverfügungen 2001 zunächst nicht ordnungsgemäss eröffnet worden waren, stellte die Steuerverwaltung die Veranlagungsverfügungen 2001 mit Datum vom 15. August 2005 erneut zu. Dagegen erhob die Steuerpflichtige Einsprache mit dem Antrag, den steuerbaren Gewinn um die von der Veranlagungsbehörde nicht anerkannte Wertberichtigung auf der Beteiligung an der … AG zu reduzieren. Mit Entscheid vom 3. Januar 2006 wies die Steuerverwaltung die Einsprache sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch der Kantonssteuern ab.