1. Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, im Sinne der
Erwägungen teilweise gutgeheissen, die angefochtene Verfügung
aufgehoben und das Gutachten von Patentanwalt B. vom 1. Dezember
2008 als Beweismittel ausgeschlossen.

2. Die Akten werden dem Instruktionsrichter zur weiteren Instruktion des
Verfahrens erstattet.

3. Die Kosten des Beschwerdeverfahrens von Fr. 2'288.-- (Gerichtsgebühr Fr.
2'000.--, Schreibgebühr Fr. 288.--) gehen zu Lasten der
Beschwerdegegnerin, die zudem die Beschwerdeführerin ausseramtlich mit
Fr. 3'000.-- inklusive Spesen und Mehrwertsteuer zu entschädigen hat.