Mit der weiteren Abnahme des CD4-Wertes treten immer häufiger jene schweren gesundheitlichen Störungen auf, welche als sogenannte AIDS definierende Krankheiten gelten (Phase C), insbesondere Lungentuberkulose, wiederkehrende bakterielle Lungenentzündungen oder besonders aggressive Tumore und Krebsarten (typisch der Hautkrebs Kaposi-Sarkom); bei Schädigung von Zellen des zentralen und peripheren Nervensystems können auch Hirnleistungsstörungen oder Nervenentzündungen auftreten.