Sur le fond, la mesure attaquée consacrait une violation de l'art. 59 al. 4 LCI en réduisant à néant le pouvoir d'appréciation conféré par celui-ci à l'autorité, et en faisant fi du mécanisme transversal ancré dans la LCI. Elle consacrait donc un excès négatif du pouvoir d'appréciation, ou à tout le moins un abus de celui-ci, ainsi qu'une violation du principe de la légalité. Il y avait aussi une violation du principe de la séparation des pouvoirs, le pouvoir exécutif ne pouvant décider de ne plus exécuter une loi adoptée par le pouvoir législatif.