Les questions de jonction et de disjonction doivent également être résolues dans le but de faciliter l'application du droit matériel. Une large autonomie est reconnue sur ce point à l'autorité judiciaire (DINICHERT/BERTOSSA/GAILLARD, op. cit., p. 473). Une décision de jonction ou de disjonction sera prise selon qu’il existe entre les causes - ou non - un lien de connexité justifiant une poursuite, une instruction ou un jugement commun ou, au contraire, séparé (REY, Procédure pénale genevoise, 2005, no 1.1.1. ad art. 89 CPP). Une décision de jonction se justifie notamment dans la perspective de l’application de l’art. 49 nCP (art.