Les travaux de second œuvre ont débuté en juin 2016 et se sont poursuivis à tout le moins jusqu'à novembre 2016. Le tunnel de Champel a été creusé entre mars 2014 et le 8 juin 2017, à l'aide de pelles mécaniques. Entre mars et juin 2016, le forage était à la hauteur de la gare Champel-Hôpital. A cela se sont ajoutés, entre juin 2017 et mai 2018, des travaux de revêtement intérieur, ainsi que des campagnes de mesurage de vibrations et bruit solidien, consistant, sur plusieurs jours, en une trentaine de périodes de vibrations (30 secondes) et de test de la ventilation et du dispositif de désenfumage de la gare.