L’art. 2 du protocole prévoit que le greffe de la Cour est organiquement rattaché à la direction des affaires juridiques de la chancellerie d’Etat et que les greffiers de la Cour sont soumis hiérarchiquement au directeur de ce service. Le directeur des affaires juridiques de la chancellerie d’Etat assure, à teneur de l’art. 3 du protocole, le fonctionnement opérationnel et logistique nécessaire aux magistrats de la Cour pour l’accomplissement de leurs tâches et assure et surveille la confidentialité de l’activité de la CAPJ, notamment dans le traitement et l’archivage de ses dossiers.