L’assuré a bénéficié d’un séjour de réadaptation auprès de la Clinique D.________ (ci-après : la clinique) du 23 octobre 2007 au 30 janvier 2008, au cours duquel il a été constaté une bursite des deux épaules préexistante à l’accident qui s’est péjorée depuis et qui a nécessité une infiltration sous-acromiale. Au terme du séjour, l’assuré a récupéré une certaine autonomie, mais l’incapacité de travail est restée totale. Le 1er avril 2008, il a repris le travail à 25%, auprès de l’entreprise E.________, assigné à des travaux adaptés. Son médecin spécialiste traitant, le Prof.