B. Le 9 novembre 2012, le Service cantonal des contributions a informé le contribuable qu'une procédure de rappel d'impôt était ouverte à son encontre. Il a indiqué en substance que la condition du délai de trois ans de l'art. 79b al. 3 de la loi sur la prévoyance professionnelle du 25 juin 1982 (LPP; RS 831.40) n'étant pas réalisée, les rachats totalisant 350'000 francs n'étaient plus admis en déduction pour les périodes fiscales 2009 à 2011, et que la prestation en capital versée par la caisse de pension ne serait donc pas imposée à hauteur de 400'000 francs, mais de 50'000 francs pour en tenir compte.