De plus, les responsables du SAR n'avaient pas respecté les directives en matière d'indemnisation du personnel données par leur direction. Après avoir rappelé que, sur le montant résultant de la liquidation du Fonds de secours, une partie provenait du virement de 800'000 francs effectué par l'Etat de Fribourg en 2007, les inspecteurs ont reconstitué le solde revenant à cette collectivité publique d'entente avec la Confédération, en déduisant notamment tous les prélèvements effectués à tort par le SAR pour les indemnités pour suppression de poste. Ainsi, sur le montant restitué à la Confédération, une somme de 326'511 fr. 90 devait être transférée au canton.