Dans ce cadre, un plan social a été élaboré par la Confédération afin d'atténuer les cas de rigueur dus aux suppressions de postes. Le financement de ce plan social a été réparti à raison de 50 % à la charge de la Confédération et de 50 % à la charge du canton, étant entendu que le montant des indemnités versées devait être calculé selon les règles de la loi sur le personnel de l'Etat (LPers; RSF 122.70.1), par le biais soit des indemnités pour suppression de poste, soit par l'attribution de ponts pré-AVS (cf. art. 47 et 53 LPers).