Pratiquement, une mise en accusation s'impose lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement. En effet, en cas de doute, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer. Au stade de la mise en accusation, le principe "in dubio pro reo", relatif à l'appréciation de preuves par l'autorité de jugement, ne s'applique donc pas. C'est au contraire la maxime "in dubio pro duriore" qui impose, en cas de doute, une mise en accusation. Ce principe vaut également pour l'autorité judiciaire chargée de l'examen d'une décision de classement (ATF 138 IV 86).