Les travaux de terrassement ont débuté en novembre 2008. Le procès-verbal de chantier du 24 mars 2009 mentionne sous le chapitre "Pollution": "Secteur A1, teneur en hydrocarbures (HAP) trop élevée. Secteurs A2, B2, B3 et C2, teneur en Ammonium trop élevée. Ces matériaux devront être acheminés en décharges bio active" (pièce 39 demanderesse, séance de chantier n° 19). Par courrier du 28 juillet 2009, A.________ SA a formellement mis en demeure B.________ de lui rembourser les sommes avancées dans le cadre de l'élimination du défaut lié à la pollution du terrain (pièce 27 demanderesse).