E. Invités à déposer leurs observations sur la réponse du DETEC, les Transports publics X ont, le 12 octobre 2010, demandé à ce que leur recours soit transmis au Conseil fédéral pour raison de compétence. Ils ont fait valoir que, selon l'art. 32, al. 1, let. f, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), le recours devant le TAF était irrecevable contre les décisions relatives à l'octroi, la modification ou le renouvellement de concessions d'infrastructures ferroviaires. Ils ont ajouté que la décision du DETEC n'était pas susceptible d'être contestée devant le Tribunal fédéral, en vertu de l'art.