C. Le 16 juin 2010, les Transports publics X ont recouru contre cette décision auprès du TAF. Ils ont contesté la décision uniquement en ce qu'elle limitait à 25 ans la durée de renouvellement de la concession, et ont demandé à ce que celle-ci soit renouvelée pour une durée de 50 ans. Ils ont fait valoir que la décision violait les exigences de motivation posées à l'art. 29, al. 2, de la Constitution fédérale (Cst.; RS 101), ainsi que l'art. 6 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101) dans la mesure où la durée de renouvellement de la concession fixée à 25 ans ne permettait pas un amortissement de l'infrastructure et du matériel roulant.