Auch bei Anstalten kann die finanzielle Trägerschaft variieren. Die EAV z.B. wird finanziell vollständig vom Bund getragen (und der Bund vereinnahmt auch ihren Rechnungsüberschuss), während die Swissmedic von Bund und Kantonen gemeinsam getragen wird. Abgesehen von der finanziellen Trägerschaft ist auch die organisatorische Trägerschaft in Betracht zu ziehen. Sie äussert sich z.B. darin, dass eine Anstalt sozialpartnerschaftlich organisiert und getragen wird. Dies ist z.B. der Fall bei der SUVA und bei der PUBLICA. Die mögliche Einflussnahme des Bundesrates als oberste vollziehende Bundesbehörde ist dementsprechend reduziert.