Aus der Tätigkeit der Flugsicherungsstelle können sich Rechtsstreitigkeiten ergeben, beispielsweise wenn Piloten der Meinung sind, sie würden in Bezug auf Wartezeiten vor dem Anflug ungerechtfertigt benachteiligt. Man kann davon ausgehen, dass die Betroffenen in solchen Fällen gestützt auf Artikel 25a des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG, SR 172.021) von der Skyguide beziehungsweise von der SkN verlangen könnten, die fehlerhaften Anweisungen zumindest für die Zukunft zu korrigieren34. Falls die Flugsicherungsbehörde dem nicht entspräche, müsste sie eine Verfügung erlassen, welche als Anfechtungsobjekt für eine Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht taugen würde35.