L’autonomia del Museo nazionale è ampia nell'ambito specialistico, ma è limitata nel settore del personale e delle finanze.
Nel 1989 è avvenuto un accorpamento di tre enti a livello di ordinanza. Poiché il Consiglio federale
non ha la competenza di togliere o limitare drasticamente i poteri della Commissione disciplinati dalla
legge, e quindi l’autonomia del Museo nazionale, questo accorpamento può solo avere l’effetto, nel
rispetto del diritto di rango superiore, di integrare il Museo nazionale all’Ufficio federale della cultura in
qualità di unità amministrativa decentralizzata, mantenendo così l'autonomia e i poteri della Commissione del Museo nazionale.