Die Direktzahlungen werden mit Bedingungen und Auflagen verknüpft. Diese sollen insbesondere die Landwirte veranlassen, auf dem ganzen Betrieb marktkonform, umweltschonend und tiergerecht zu produzieren (Art. 31a Abs. 5 Bst. b LwG). Die Ausrichtung ergänzender Direktzahlungen ist im einzelnen in der Verordnung vom 26. April 1993 über ergänzende Direktzahlungen in der Landwirtschaft geregelt (Direktzahlungsverordnung [DZV], SR 910.131, mit den Änderungen vom 26. Januar 1994, vom 22. Juni 1994 sowie vom 15. Februar 1995). Die ergänzenden Direktzahlungen werden auf Gesuch hin ausgerichtet (Art. 11 Abs. 1 DZV).