In der Folge holte das EFD bei den betroffenen Dienststellen Vernehmlassungen ein. Die BA bestritt in ihrer Stellungnahme vom 16. Juni 2003 die geltend gemachte Schadenersatzforderung in jeder Hinsicht vollumfänglich. Sie hielt insbesondere fest, dass ein Freispruch die vorausgegangene Eröffnung und Durchführung einer Strafuntersuchung nicht zu einem widerrechtlichen Vorgang im Sinne des Verantwortlichkeitsgesetzes mache. Aus Sicht der Militärjustiz wies der Oberauditor in seinem Schreiben vom 17. Juni 2003 darauf hin, dass das Urteil des Militärappellationsgerichtes 2A einschliesslich des Entschädigungspunktes in Rechtskraft erwachsen sei.