Am 10. Juni 2003 reichte die Beschwerdeführerin beim Institut ein überarbeitetes Gesuch ein. Darin beantragte sie, es sei ihr für den zusätzlichen Betriebsstandort in B. eine Bewilligung zur Herstellung von flüssigen, halbfesten und festen Arzneimitteln (weder aseptisch hergestellte, noch endsterilisierte, biologische, hochaktive oder allergisierende Präparate) sowie zur Primär- und Sekundärverpackung von Arzneimitteln zu erteilen. Sie wies darauf hin, dass der Betriebsstandort identisch mit jenem der konkursiten Firma Y. AG sei, dass aber ein Wechsel der fachtechnisch verantwortlichen Person erfolge.