Zusammenfassung des Sachverhalts:
A. Die X. AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin einer altrechtlichen,
kantonalen Betriebsbewilligung für ihre Betriebsstätte in N. Im Frühjahr 2003
übernahm sie aus der Konkursmasse der Firma Y. AG die Produktionsanlage,
das Geschäftsinventar, das Gebäude und teilweise auch das Personal eines
Betriebes in B., in welchem unter anderem auch Arzneimittel hergestellt
worden waren. Am 5. Mai 2003 nahm sie in dieser Betriebsstätte die
Herstellung von Arzneimitteln und anderen Produkten (wieder) auf -
vorwiegend in Erfüllung von Aufträgen, die von Drittfirmen erteilt worden
waren (Lohnherstellung).