Die damalige Zulassungsinhaberin war nicht mehr in der Lage, das Arzneimittel auszuliefern, so dass sich verschiedene Spitäler an die B. AG (Beschwerdeführerin) wandten. Diese zeigte Interesse, die Produktion des Arzneimittels zu übernehmen, und setzte sich mit der damaligen Zulassungsinhaberin in Verbindung. In der Folge produzierte die Beschwerdeführerin eine Probecharge des Präparates und liess diese klinisch testen. Anschliessend erkundigte sie sich beim Schweizerischen Heilmittelinstitut (im Folgenden: Institut) über die Zulassungsmöglichkeiten für ein entsprechendes Präparat.