Zusammenfassung des Sachverhalts: A. Am 14. März 2002 meldete die X. AG (Beschwerdeführerin) dem Schweizerischen Heilmittelinstitut (im Folgenden: Institut oder Swissmedic), dass sie das Medizinprodukt Z. in der Schweiz in Verkehr bringe. Bei diesem Produkt handelt es sich um ein in Deutschland hergestelltes In-vitro-Diagnostikum, das zum Nachweis von Infektionen des Magens mit Helicobacter pylori (HP) anhand der Antikörper IgG, IgM und IgA bestimmt ist. Es besteht im Wesentlichen aus folgenden, in einer gemeinsamen Verpackung in Verkehr gebrachten Komponenten: Stichlanzette, zwei Einmalpipetten, Testkassette, Pufferlösung, Alkoholtupfer und Pflaster.