Es wurde betreffend die SBB bzw. die MGE als kritisch angesehen, dass Mitarbeiter der MGE bei einem direkten Konkurrenten der SBB (z. B. Berner Alpenbahn-Gesellschaft Bern-Lötschberg-Simplon [BLS]) Einblick in die Prozessabläufe erlangen könnten. An der Verhandlung vom 20. Mai 2005 räumten die Vertreter des BAV denn auch ein, dass im Bereich der Themenaudits die Unabhängigkeit der SBB in Frage gestellt und klar sei, dass die Themenaudits nicht mit den Mitarbeitern der SBB durchgeführt werden könnten (...). Aus diesem Grund wurde neben den SBB beim Zuschlag eine zweite Firma berücksichtigt.