Zusammenfassung des Sachverhalts:
A. Das Bundesamt für Bauten und Logistik (BBL) schrieb im Schweizerischen
Handelsamtsblatt (SHAB; …) den Lieferauftrag für eine Standardsoftware für
die Finanzbuchhaltung für (…) sowie die Debitorenverwaltung im offenen
Verfahren öffentlich aus. Neben zehn weiteren Anbietern reichte auch die
Firma X. am 2. Mai 2003 fristgerecht eine Offerte ein. Die Preisspanne der
eingereichten Angebote lag zwischen Fr. 1’945’433.- und Fr. 9’709’410.-. Am
13. Oktober 2003 erteilte das BBL den Zuschlag an die Z. Der Zuschlag wurde
im SHAB vom (…) veröffentlicht.